Genéza tohto zníženia je spojená s mladými, presúvajúcimi sa tektonickými pohybmi aké sa vyskytovali a naďalej v Karpatoch vyskytujú. Jedna zo súčasne dominujúcich teórií vzniku tejto štruktúry uvádza, že je to sedimentačný bazén typu „pull-apart“ (pozri obrázok). Sedimentačný bazén tohto typu, čiže zníženie v zemskej kôre predstavujúce miesto tvorenia sa väčšiny usadených hornín, sa otvára na mieste výskytu posuvných zlomov. Oravská kotlina bola vyplnená mladými ľadovými horninami neogénneho a kvartérneho veku. Malé rozdiely v umiestnení týchto hornín na rôznych miestach kotliny svedčia o nerovnomernom prehlbovaní sa nádrže, ako aj o malých, miestnych zdvíhacích pohyboch. Malé seizmické otrasy registrované v súčasnosti vo východnej časti Oravskej kotliny poukazujú na to, že proces tvorby bazénu sa ešte neukončil.
V obci Staré Bystré, po prechode popri škole a cez mostík, v tečúcom prameni sa nachádza úkaz neogénnych riečnych výtvorov predstavujúcich vyplnenie Oravskej kotliny. Ich prítomnosť svedčí o začiatočnom znižovaní sa tohto územia, čo spôsobilo depozíciu hrubej vrstvy usadenín. Avšak dnešná poloha dna koryta prameňa sugeruje neskoršie vynášajúce ruchy – prameň sa „zarezal“ do neogénnych usadenín, čo svedčí o zníženiu erózneho základu a teda aj o zdvíhaní.
Dodatočne sa oplatí zdôrazniť, že časť okruhliakov vyskytujúcich sa v úkaze je popraskaná usporiadaným spôsobom (fotografia). Pravdepodobne je to následkom malého zemetrasenia aké sa na tomto mieste vyskytlo. Počas zemetrasenia došlo k vzniku seizmickej vlny, ktorá pri prechode cez skaly spôsobila ich zničenie. Taktiež je možné, že aspoň určitá časť popraskaní vznikla následkom objavenia sa mladých zlomov pretínajúcich tieto výtvory.